南非爆發(fā)的李斯特菌感染與加工肉類有關(guān)，這一結(jié)果由南非國家衛(wèi)生實(shí)驗(yàn)局Juno Thomas研究組取得。2020年2月13日出版的《新英格蘭醫(yī)學(xué)雜志》發(fā)表了這項(xiàng)成果。
研究組進(jìn)行了流行病學(xué)、回溯和環(huán)境調(diào)查，并采用全基因組測(cè)序?qū)魏思?xì)胞增生李斯特菌分離株進(jìn)行了分型。2017年6月11日至2018年4月7日，實(shí)驗(yàn)室確認(rèn)1例單核細(xì)胞增生李斯特菌感染。
共發(fā)現(xiàn)937例感染，其中728名患者中有193名（27%）死亡。對(duì)609例患者的臨床分離株進(jìn)行了測(cè)序，567例（93%）被鑒定為6型序列（ST6）。在病例對(duì)照分析中，與非ST6感染者相比，ST6感染者中有很多人食用了香腸，優(yōu)勢(shì)比為8.55。
香腸和環(huán)境樣本也分離出了ST6菌株，這些菌株與患者的菌株屬于同一核心基因組多位點(diǎn)序列分型簇，差異不超過4個(gè)等位基因；這些發(fā)現(xiàn)表明，在某個(gè)工廠生產(chǎn)的香腸是疫情源頭。從該工廠召回香腸后，單核細(xì)胞增生李斯特菌ST6感染率迅速下降。
綜上，全基因組測(cè)序有助于發(fā)現(xiàn)疫情，指導(dǎo)回溯調(diào)查，從而鎖定源頭。
